헬리코박터 파이로리 감염의 치료에는 다양한 약제들이 사용되고 있으며, 약제는 박멸효과와 부작용이 고려되어 선택됩니다. 최근에는 강력한 위산분비 억제제와 두 가지 항생제를 병용하는 치료가 일차적인 방법으로 인정되고 있습니다. 항생제가 위장에서 헬리코박터 균에 제거하려면 위산을 중화시켜야 합니다. 그래서  항생제와 함께 강력한 위산 억제제를 10일에서 2주간 투여하는 것이 일반적입니다.  치료율은 64%-94%에 이르고 있습니다.

문제점 1. 항생제는 신체에 일종의 융단폭격을 하는 것과 같습니다.

헬리코박터 균을 없애기 위해 유익한 세균인 유산균등을 전부 죽이기 때문에 더 큰 문제를 야기시킵니다.  일정기간 (10일-2주간) 동안 투여된 항생제로 완전히 황폐해진 상태에서 여과 없이 들어오는 박테리아 , 곰팡이 들이 신체에 들어오면 이 들에 대항하여 싸우는 유익한 세균인 유산균 등이 없기 때문에 엄청난 숫자로 늘어나 신체는 이 들이 내 뿜는 독성물질로 더 큰 문제가 야기될 수가 있습니다. 이스트와 곰팡이의 지나친 증식을 초래합니다. 항생제인 테트라사이틀린(Tetracycline)은 간의 지방이 형성되는 것을 유발시키며, 에스토마이신(Erythromycin)은 담즙 분비 장애를 일으킵니다. 헬리코박테리아가 항생제에 내성(5%-55%)을 가지게 되면 항생제로 치료가 안됩니다.  항생제-제산제 요법 헬리코박터 치료율은 최소 64% 최고 94%입니다. 즉 이 요법이 100% 치료를 하는 것은 아닙니다.

문제점 2.  재 감염율이 60%를 상회

항생제로 완전히 헬리코박테리아가 박멸이 되었다 하더라도 6개월내에 다시 감염될 확률은 60%를 상회합니다. 감염이 될 때마다 항생제 요법으로 치료를 시작하면 결국 항생제가 가지고 있는 스스로의 문제점으로 투여하기 어려운 상황이 되어 치료를 포기해야 합니다.

문제점 3. 항생제와 더불어 투여되는 위산 억제제는 더 큰 문제를 초래할 수 있습니다. 위산 억제제는 헬리코박터에 감염된 궤양 환자의 통증에 상당한 효과를 발휘합니다. 위에서 분비되는 위산은 음식으로 통해서 들어오는 다른 해로운 박테리아, 기생충, 곰팡이 균을 살균하는 신체를 외부로부터 방어하는 기능을 합니다. 위산을 억제하여 항생제를 투여하면 헬리코박터 균을 없앨 수 있지만 소장과 대장에 박테리아, 기생충, 곰팡이 균이 억제할 수 없을 정도로 늘어나게 되면 소화기기 손상되는 것은 물론 간 까지 문제가 생겨 건강에 심각한 문제를 단기간 내에 초래할 수 있습니다. 

국내에서 판매되는 유산균 음료가 헬리코박테리아를 제거하거나 억제한다는 광고에 대하여.( 이 부분은 대기업이 대대적인 광고로 소비자를 속이는-misleading-부분입니다. 아래 자세한 내용을 참고하세요.

1. 유산균 음료에는 필요한 충분한 유산균이 있다고 광고합니다.  실제로 얼마간 존재합니다. 문제는 음료를 만든 후 보관 과정에서 산(acid)이 나옵니다. 이 산은 유산균들을 즉시 죽이는 역할을 합니다. 실제로 소비자가 마실 당시에는 필요한 유산균이 없을 가능성이 많이 있습니다.